魔術が成立していた
最後の時代。
人類の決定的な絶滅を防ぐために設立された人理継続保障機関・カルデアは、とある異変を観測していた。
近未来観測レンズ・シバにより、2017年で人類が絶滅することが証明されてしまった。
カルデアは人類絶滅の原因と考えられる時空の特異点を特定。術者を霊子化させて過去へと送り込み人理修復を図る禁断の儀式、レイシフトを行うことを決断する。
だが、レイシフト決行のその瞬間、カルデアの中央監視室は何者かによって爆破され、その目論見は阻まれてしまう。
そんな中、難を逃れたカルデア医療部門トップのロマニ・アーキマン、同じく無傷だった一般人の藤丸立香、事故に巻き込まれながらも英霊と融合し一命をとりとめたカルデアスタッフのマシュ・キリエライト―ここから3人の物語は動き始める。
ロマニの指揮のもと様々なサーヴァントの協力を得て、「特異点F・炎上汚染都市冬木」から始まり七つの特異点の修復を果たしていく藤丸立香とマシュたち。
そして七つの特異点の修復により「終局特異点・冠位時間神殿ソロモン」への道が開かれ、魔術王との最終決戦に挑む。
限られた生をもって死と断絶に立ち向かうもの。
終わりを知りながら、別れと出会いを繰り返すもの。
・・・輝かしい、星の瞬きのような刹那の旅路。
これを、愛と希望の物語と云う。